Το Κάτω Κουφονήσι έχει έκταση 4,3 τ. χλμ. και σε αντίθεση με το Πάνω Κουφονήσι είναι σχεδόν ακατοίκητο. Έχει μόνο καμιά δεκαριά διάσπαρτα σπίτια, που λειτουργούν ως εξοχικές κατοικίες και μία ταβέρνα. Δεν έχει ηλεκτροδότηση και έχει χαρακτηριστεί αρχαιολογική περιοχή. Σημαντικό αξιοθέατο είναι το γραφικό εκκλησάκι της Παναγιάς, χτισμένο πάνω σε αρχαία ερείπια.
Σαν αδερφάκι με το Πάνω Κουφονήσι, διαθέτει την ίδια φυσική ομορφιά και εξίσου παραδεισένιες παραλίες. Επειδή όμως δεν είναι τουριστικά ανεπτυγμένο, το προτιμούν οι πιο περιπετειώδεις, που επιθυμούν εναλλακτικές διακοπές με ελεύθερο κάμπινγκ ή γυμνισμό. Επίσης, ένα καΐκι με τακτικά δρομολόγια μεταφέρει και πολλούς εκδρομείς από το Πάνω Κουφονήσι.