Τα Κουφονήσια, παρόλο που είναι μικρά, όπως όλες οι Μικρές Ανατολικές Κυκλάδες, διαθέτουν μερικές από τις ομορφότερες παραλίες της Ελλάδας. Παραδεισένιες αμμουδιές με κρυστάλλινα σμαραγδένια νερά πλαισιώνονται από αμμόλοφους ή σμιλευμένα βράχια με μοναδικά χρυσό χρώμα που σχηματίζουν θαλάσσιες σπηλιές και κρυφούς ορμίσκους. Τα βουνά της Νάξου και της Αμοργού τις προστατεύουν από το καλοκαιρινό μελτέμι, το τόσο χαρακτηριστικό στις Κυκλάδες. Πολυσύχναστες ή απομονωμένες, όλες μαγευτικές, οι παραλίες των Κουφονησίων είναι θαρρείς επίτηδες φτιαγμένες για να σε ξελογιάσουν.
Στο Πάνω Κουφονήσι, στα νοτιοδυτικά βρίσκεται ο Παριανός. Απάνεμος κόλπος με πλατιά αμμουδιά, καταφύγιο για ψαροκάικα.
Την παραλία του λιμανιού, πλατιά αμμουδιά με διαυγή ρηχά νερά, δυο βήματα από τον οικισμό, την προτιμούν οι ντόπιοι, τα παιδιά και όσοι δεν έχουν όρεξη να μετακινηθούν.
Οι ομορφότερες παραλίες όμως είναι συγκεντρωμένες στην ανατολική πλευρά του νησιού.
Στο τέλος του παραλιακού δρόμου συναντάμε το Φοίνικα (Xαροκόπου). Χρυσή αμμουδιά με γαλαζοπράσινα νερά. Την προτιμούν οικογένειες. Έχει πάρει το όνομά της από το ομώνυμο ξενοδοχείο-εστιατόριο του Δημήτρη Μαύρου.
Ακολουθεί ο Φανός (Δεύτερη), άλλη μια αμμουδιά με σμαραγδένια νερά. Ένα ξενοδοχειακό συγκρότημα με studios και beach bar που άνοιξε πρόσφατα εκεί προκάλεσε τη μήνι των «παλιών», αλλά την κατέστησε πόλο έλξης της νεολαίας και όσων επιδίδονται στα θαλάσσια σπορ.
Μετά από μια σειρά μικρούς όρμους για μοναχικούς, καταλήγουμε στην Ιταλίδα (Πλατιά Πούντα). Η δημοφιλέστερη παραλία του νησιού αποτελεί μια από τις ομορφότερες παραλίες των Κυκλάδων. Ένας μικρός όρμος στην αρχή της, το Ιταλιδάκι, κατακλύζεται από όσους θεωρούν το μαγιό περιττό.
Συνεχίζοντας ανατολικά, συναντάμε πολλούς μικρούς όρμους με άμμο ή βότσαλα και βράχια που σχηματίζουν σπηλιές. Ανάμεσά τους και η Πισίνα, μια φυσική κοιλότητα βράχων με κρυστάλλινα νερά.
Βορειανατολικά του Πάνω Κουφονησιού βρίσκεται το Πορί, μια μεγάλη χρυσή αμμουδιά, από τις ωραιότερες των Κυκλάδων. Ιδανική για wind surfing. Ένας απομονωμένος επίγειος παράδεισος, προσιτός σήμερα από δρόμο στο εσωτερικό του νησιού. Δύο beach bars αποτελούν πόλο έλξης των επισκεπτών.
Στο βόρειο άκρο του νησιού βρίσκεται το ακρωτήρι του Ξυλοβάτη με θέα στη Νάξο και το Γάλα, με θαλάσσιες σπηλιές και διάφανα νερά.
Το Κάτω Κουφονήσι διαθέτει εξίσου όμορφες παραλίες όμως ακόμα πιο απομονωμένες, με πιο γνωστές το Φυκιό, το Δέτη, το Νερό και τα Πεζούλια.